சில மாதங்களுக்கு முன்பு பண மோசடி வழக்கில் கைதாகி ஜாமீனில் வெளியில் வந்த இவர் திருவண்ணாமலை மாவட்டம், ஆரணி அடுத்த திருமலை ஜெயின் மடத்தில் தங்கியிருந்தார். அங்கு சில நாட்களாக யாகம் ஒன்றை நடத்தி வந்தார். நேற்றிரவு 7.30 மணியளவில் யாக பூஜையில் இருந்தபோது அவருக்கு மூச்சுத்திணறல் ஏற்பட்டது. உடனே அவரை ஆரணி அரசு மருத்து வமனைக்கு அழைத்து வந்தனர். ஆனால், வரும் வழியிலேயே அவர் மாரடைப்பால் இறந்து விட்டதாக டாக்டர்கள் தெரி வித்தனர்.
தகவலறிந்து இந்து அமைப்புகளை சேர்ந்தவர்கள் அவருக்கு புஷ்பாஞ்சலி செலுத்தினர். தொடர்ந்து, தகவல் அறிந்து ஆரணி வந்த அவரது அண்ணன் சங்கரிடம் அவரது உடலை ஒப்படைத்தனர். இதையடுத்து அவரது உடல் சொந்த ஊரான திருவலத்துக்கு கொண்டு செல்லப்பட்டது. அங்கு அவரது இறுதி சடங்குகள் இன்று நடக்கிறது.இறந்த சாந்தா சுவாமிகளின் தந்தை சத்தியமூர்த்தி. தாய் கீதா. தந்தை ஏற்கனவே இறந்து விட்டார். சங்கர் என்ற அண்ணனும், சரவணன் என்றதம்பியும் உள்ளனர்.